美國聯邦政府宣布凍結哈佛大學超過22億美元研究經費後，哈佛於周一（4月21日）正式對川普政府提起訴訟，要求聯邦法院解凍數。美國100多所高校也在第二天聯合譴責政府干預學術、濫用科研經費施壓，破壞法治與學術自由。
綜合美聯社、法新社報導，哈佛在向波士頓聯邦法院提交的訴訟中寫道，這一凍結決定「武斷且反覆無常」，不僅缺乏與「反猶主義」之間的合理聯繫，也未考慮其對科研、公共利益及國家創新的重大影響，嚴重侵犯了學校的《第一修正案》權利，並違反了《民權法案》第六章禁止歧視的條款。
白宮發言人哈里森·菲爾茲（Harrison Fields）則在郵件中反擊稱：「 像哈佛這樣的機構長期依賴聯邦資助，用納稅人、特別是經濟拮据的美國家庭的稅金，養肥那些高薪官僚，這樣的好日子到頭了。」菲爾茲表示，納稅人的資金是一種特權，而哈佛未滿足享受這一特權的基本條件。
川普政府此前以該校拒絕終止多元、公平與包容（DEI）政策及未能有效遏止校園反猶主義為由，凍結相關資金。
而在媒體披露川普政府計划進一步凍結哈佛大學約10億美元資金後不久，哈佛提起了訴訟。若該計劃實施，川普政府對這所常春藤名校的資金凍結將累計高達32億美元。《華爾街日報》於周日（20日）援引知情人士的消息，披露了事件的最新進展。
此次新增凍結的10億美元資金主要用於醫療研究。而在上周，川普政府已凍結22.6億美元預算，並威脅撤銷哈佛的大學免稅地位。不過，白宮方面尚未詳細說明本次追加凍結資金的具體理由。
哈佛大學校長艾倫·賈伯（Alan Garber）21日在聲明中指出：「政府的過度干預將帶來嚴重且長遠的影響。被迫中止的研究項目，包括了提升兒童癌症倖存者生活品質、探究癌症擴散的分子機制、預測傳染病爆發，乃至協助戰場負傷士兵減輕痛苦的技術。」
在哈佛大學起訴川普政府的次日，包括常春藤盟校普林斯頓大學和布朗大學在內的100多所美國高校發表聯合聲明，譴責川普對教育體系的「政治干預」。
聯署信中寫道：「我們歡迎建設性的改革，也不反對合法的政府監督。但我們必須堅決反對不當的政府介入，」信中補充道，「我們必須拒絕以公共科研資金作為施壓手段。」
在前一段時間，川普指控多所知名大學縱容校園反猶太主義，並以此為由威脅削減其預算、取消免稅資格，甚至限制其招收國際學生。
包括哥倫比亞大學在內的多所頂尖高校，已在某種程度上遵守川普政府的要求。川普政府認為美國高校的精英群體過於偏左。