澳聯邦政府正與各州及領地領導人合作，實施H5N1禽流感定向疫苗接種計劃。該計劃可能成為全球同類項目中規模最大的一個，截至9月17日，各州及領地的首席獸醫官已批准針對162個不同物種的疫苗接種方案，預計將有約9916隻鳥類接受接種。

接種對象包括分布在新州（包括悉尼北海灘、遠南海岸的伊登（Eden）、獅子島（Lion Island）及巴蘭古巴（Baranguba）等地）的500多隻小藍企鵝（Little Penguins）。在維州，將有來自95個物種的最多1385隻圈養鳥類接受接種，其中包括攝政蜜雀（Regent Honeyeater）、速鸚鵡（Swift Parrot）、橙腹鸚鵡（Orange-bellied Parrot）和草原遊走鳥（Plains-wanderer）；塔斯馬尼亞州也將有約350隻橙腹鸚鵡納入接種範圍。

農業部長朱莉·柯林斯（Julie Collins）表示，政府高度重視禽流感問題，「正因如此，我們才開展這項具有全球意義的疫苗接種工作」。

她說：「澳大利亞擁有世界上一些最具標誌性且美麗的鳥類。」「我們已投入近200萬澳元，並與聯邦科學與工業研究組織（CSIRO）及頂尖科學家開展了大量工作，為此次疫苗接種行動做好準備。」

「我們將繼續與各州及領地密切合作推進這項接種工作，以保護我國獨特且具有標誌性的鳥類免受H5禽流感的威脅。」

聯邦、州及領地政府已就針對圈養的重點本土物種推廣疫苗接種達成全國性共識，但具體哪些物種納入接種範圍以及如何在各自轄區內實施接種，則由各州自行決定。

目前暫不考慮對野生鳥類進行大規模疫苗接種，因為該方案被認為不適宜或不切實際——該疫苗需要分兩次接種，且兩次接種之間需間隔三到四周。

在極少數特定情況下，野生鳥類也可能接受疫苗接種。相比之下，紐西蘭僅針對五個物種的300隻「核心繁殖鳥」進行了疫苗接種。

迄今為止，當局已報告了超過500起澳大利亞野生動物感染H5N1禽流感的確認病例，同時也收到了關於動物大量死亡的報告。其中包括在袋鼠島（Kangaroo Island）附近發現的一隻澳大利亞海獅，以及在南澳弗勒里厄半島（Fleurieu Peninsula）古爾瓦（Goolwa）發現的一隻普通海豚。

澳大利亞是全球最後一個遭受H5N1禽流感侵襲的大洲，目前已投入約2.7億澳元用於生物安全方面的準備、監測及應對工作。